Der erste SeaWorld-Park in San Diego wurde 1964 von vier Absolventen der University of California gegründet. Die ursprüngliche Idee, ein Unterwasserrestaurant mit zugehöriger Meerestiershow zu bauen, wurde zu einem Themenpark mit Meerestieren ausgebaut. Zur Eröffnung am 21. März 1964 gab es zunächst nur einige Delfine, Seelöwen und wenige andere Tiere. Der Park war von Anfang an sehr erfolgreich und wurde nach und nach weiter vergrößert. Ende der 1960er Jahre war er weltweit der erste Park, der Orcas zeigen konnte.
Hauptattraktion ist die tägliche Liveshow mit den Orcas (den Großen Schwertwalen). Seit 2006 gab es eine Show mit dem Namen Believe, in der die Faszination dieser Tieren dem Publikum nähergebracht werden soll. Sie löste die Show The Shamu Adventure ab. Seit 2017 wird in SeaWorld San Diego die Show Orca Encounter gezeigt. Sie enthält weniger Showelemente, weniger Musik, dafür aber viele Informationen über Orcas.
Im März 2016 gab SeaWorld bekannt, dass zukünftig keine Orcas mehr gezüchtet oder in der Wildnis gefangen werden sollen. Die 29 derzeit noch in den Parks lebenden, zwischen einem und 51 Jahre alten Tiere sollen nicht ausgesetzt werden, da sie laut SeaWorld keine Überlebenschancen hätten. Als Grund für die Maßnahme gab Seaworld die anhaltende Kritik und gesellschaftliche Veränderungen an. Außerdem wurde angekündigt, dass die Shows mittelfristig zugunsten einer Haltung, die es erlaubt das natürliche Verhalten der Tiere zu beobachten, abgelöst werden