Das Houston County ist ein County im Bundesstaat Alabama der Vereinigten Staaten. Der Verwaltungssitz (County Seat) ist Dothan.
Das County liegt im äußersten Südosten von Alabama, grenzt im Süden an Floridas Nordgrenze, im Osten an Georgia und hat eine Fläche von 1506 Quadratkilometern, wovon drei Quadratkilometer Wasserfläche sind. Es grenzt im Uhrzeigersinn an folgende Countys: Geneva County, Dale County und Henry County. Houston liegt im Herzen der sogenannten Wiregrass-Region, in der ein Viertel der amerikanischen Erdnüsse produziert werden.
Im frühen 20. Jahrhundert führten Fortschritte bei den Düngemitteln dazu, dass in Houston der Baumwollanbau möglich wurde. Die bald darauf folgende Ankunft des Baumwollkapselkäfers führte zu einer Umstrukturierung hin zur Produktion von Erd- und Pekannüssen, Mais und Vieh.